Quinta misión tripulada, en abril de 1972, primer alunizaje en tierras altas lunares.
John Young salta junto a la bandera de EE. UU. en las tierras altas de Descartes (NASA, abril de 1972).
Apolo 16 alunizó el 21 de abril de 1972 en las tierras altas de Descartes, una zona elegida por su geología distinta a la de los mares lunares visitados hasta entonces. John Young y Charles Duke pasaron casi tres días en la superficie mientras Thomas Mattingly —que debía haber volado en el Apolo 13 y fue sustituido por sospecha de rubeola— orbitaba en solitario. Fue la penúltima misión tripulada a la Luna.
En órbita lunar, mientras Mattingly maniobraba para circularizar la trayectoria del módulo de mando, detectó una oscilación extraña en el sistema secundario del motor principal —«I be a sorry bird», avisó por radio— que, según las reglas de la misión, obligaba a abortar el alunizaje. Durante seis horas los ingenieros en Houston recalcularon modelos térmicos y de estrés antes de concluir que el sistema principal podía asumir el riesgo en solitario, y dieron luz verde con Young y Duke ya esperando, un día después de lo previsto.
John Young junto al rover lunar en Descartes (NASA, abril de 1972).